Ti posso dare una risposta generica.
Come giustamente hai scritto, le protrusioni discali sono di riscontro frequente anche in soggetti asintomatici, quindi non è assolutamente detto che il tuo disturbo sia legato alla protrusione (per comprenderlo andrebbe valutato clinicamente, ovvero con una visita, prima di discutere della risonanza magnetica).
Se i tuoi sintomi dolorosi non fossero clinicamente correlabili alla protrusione e se io fossi nella tua situazione, io continuerei ad allenarmi.
Però è una scelta che va fatta individualmente (ovvero devi decidere a tuo rischio e pericolo) , perchè nessun medico si prenderà mai la responsabilità di dirti che puoi fare squat con 200kg sulla schiena con la certezza matematica che non ti potrà mai uscire un ernia discale vera e propria (perchè ovviamente non ci sono studi scientifici specifici in proposito).
Sarebbe utile vedere come fai Squat e Stacco per capire se il tuo dolore lombare possa essere correlato alle tue esecuzioni